Theo sách "Đại Nam chính biên liệt truyện", sau ngày đại thắng quân Thanh xâm lược, vua Quang Trung trở về Phú Xuân và đã tiến phong công chúa Ngọc Hân làm Bắc Cung Hoàng hậu. Sau đó, công chúa Ngọc Hân được hưởng những năm tháng tràn đầy hạnh phúc bên người chồng anh hùng. Bà sinh được hai người con, một gái là Nguyễn Thị Ngọc Bảo (sinh năm 1788) và một trai là Nguyễn Quang Đức (sinh năm 1790). Tuy nhiên, quãng thời gian tràn đầy hạnh phúc đó đối với bà không kéo dài được bao lâu.
Tháng 9/1792, Quang Trung đột ngột từ trần. Khi ấy công chúa Ngọc Hân mới 22 tuổi, với hai đứa con thơ một lên 4 và một lên 2 nhưng đã trở thành người phụ nữ góa bụa. Bà sống cô quạnh trong nỗi nhớ thương chồng. Tình cảm đau xót triền miên đã dần hút hết sinh lực của bà. 7 năm sau (năm 1799), Ngọc Hân từ trần khi mới 29 tuổi đời. Hai năm sau (1801), Nguyễn Ánh tấn công vào Phú Xuân, vua tôi Quang Toản bỏ kinh thành chạy ra Bắc Hà. Hai người con của Ngọc Hân khi ấy còn thơ ấu nhưng cũng đều bị bắt.
Một viên sĩ quan Pháp tên là Barizy theo chân Nguyễn Ánh vào Phú Xuân đã đến nhà tù giam những người con của vua Quang Trung và mô tả lại trong thư của ông viết vào ngày 16/7/1801 với nội dung như sau:... Họ ở trong một căn phòng hơi tối, có tất cả 5 công chúa, một cô 16 tuổi, theo tôi là một cô gái đẹp, một em bé 12 tuổi là con gái bà công chúa Bắc Kỳ (tức Ngọc Hân), em này cũng coi được... Ngoài ra còn có 3 con trai, có một em độ 16 tuổi da nâu nhưng nét mặt tầm thường. Còn em trai kia độ 12 tuổi là con bà công chúa Bắc Kỳ thì diện mạo rất đáng yêu và có những cử chỉ rất dễ thương.
Như vậy là cả con trai và con gái của công chúa Ngọc Hân đều bị bắt khi Nguyễn Ánh tấn công chiếm Phú Xuân vào tháng 5/1801 và sau đó bị giết vào tháng 11/1801. Theo sách "Đại Nam thực lục chính biên" thì đó là hai người trong số "con trai, con gái, họ hàng và tướng hiệu giặc, 31 người đều bị cắt nát thây".
Sau ngày Gia Long thống nhất đất nước, bà Chiêu Nghi Nguyễn Thị Huyền (mẹ của Ngọc Hân) lúc này còn sống, đã nhờ người tin cẩn, bí mật vào Phú Xuân, chuyển hài cốt của ba mẹ con Ngọc Hân về quê nhà ở làng Nành, tức Phù Ninh, Đông Ngàn, Bắc Ninh (nay là Ninh Hiệp, Gia Lâm, Hà Nội). Mộ của ba mẹ con công chúa Ngọc Hân được chôn ở bãi Cây Đại (còn gọi là bãi Đầu Voi) làng Phù Ninh. Trước mộ có xây đền thờ.
Vào năm thứ 2 đời vua Thiệu Trị (1842), do mâu thuẫn giữa hai dòng họ, có người làng Phù Ninh đã vào tận kinh đô Phú Xuân tố giác việc thờ công chúa Ngọc Hân. Sự việc bị phát giác, vua Thiệu Trị đã cho người về hủy đền thờ và đào bỏ hài cốt của ba mẹ con Ngọc Hân.
Trong sách "Đại Nam thực lục chính biên" có đoạn ghi chép về sự kiện này như sau: Nguyên người xã ấy là Nguyễn Thị Huyền làm cung nhân của vua Lê Hiển Tông, có con gái là Ngọc Hân gả cho nguỵ Huệ, sinh được một trai, một gái. Ngọc Hân chết, con trai gái cùng chết non cả. Khoảng những năm đầu của vua Gia Long, nguỵ đô đốc tên là Hài ngầm đem hài cốt mẹ con Ngọc Hân từ Phú Xuân về táng trộm ở địa phận xã Phù Ninh, Thị Hài ngầm xây mộ, dựng đền, khắc bia giả, đổi lại họ tên để làm mất dấu tích. Tới đây, việc ấy bị phát giác, vua sai hủy đền thờ và đào bỏ hài cốt kẻ nguỵ đi.
Như vậy, một nàng công chúa tài sắc vẹn toàn, làm vợ một vị anh hùng cái thế và cuộc đời tưởng chừng như hạnh phúc đến tột cùng ấy thế mà kết cục lại thật bi thảm, cho đến nắm xương tàn cũng không được yên.
Tháng 9/1792, Quang Trung đột ngột từ trần. Khi ấy công chúa Ngọc Hân mới 22 tuổi, với hai đứa con thơ một lên 4 và một lên 2 nhưng đã trở thành người phụ nữ góa bụa. Bà sống cô quạnh trong nỗi nhớ thương chồng. Tình cảm đau xót triền miên đã dần hút hết sinh lực của bà. 7 năm sau (năm 1799), Ngọc Hân từ trần khi mới 29 tuổi đời. Hai năm sau (1801), Nguyễn Ánh tấn công vào Phú Xuân, vua tôi Quang Toản bỏ kinh thành chạy ra Bắc Hà. Hai người con của Ngọc Hân khi ấy còn thơ ấu nhưng cũng đều bị bắt.
Một viên sĩ quan Pháp tên là Barizy theo chân Nguyễn Ánh vào Phú Xuân đã đến nhà tù giam những người con của vua Quang Trung và mô tả lại trong thư của ông viết vào ngày 16/7/1801 với nội dung như sau:... Họ ở trong một căn phòng hơi tối, có tất cả 5 công chúa, một cô 16 tuổi, theo tôi là một cô gái đẹp, một em bé 12 tuổi là con gái bà công chúa Bắc Kỳ (tức Ngọc Hân), em này cũng coi được... Ngoài ra còn có 3 con trai, có một em độ 16 tuổi da nâu nhưng nét mặt tầm thường. Còn em trai kia độ 12 tuổi là con bà công chúa Bắc Kỳ thì diện mạo rất đáng yêu và có những cử chỉ rất dễ thương.
Như vậy là cả con trai và con gái của công chúa Ngọc Hân đều bị bắt khi Nguyễn Ánh tấn công chiếm Phú Xuân vào tháng 5/1801 và sau đó bị giết vào tháng 11/1801. Theo sách "Đại Nam thực lục chính biên" thì đó là hai người trong số "con trai, con gái, họ hàng và tướng hiệu giặc, 31 người đều bị cắt nát thây".
Sau ngày Gia Long thống nhất đất nước, bà Chiêu Nghi Nguyễn Thị Huyền (mẹ của Ngọc Hân) lúc này còn sống, đã nhờ người tin cẩn, bí mật vào Phú Xuân, chuyển hài cốt của ba mẹ con Ngọc Hân về quê nhà ở làng Nành, tức Phù Ninh, Đông Ngàn, Bắc Ninh (nay là Ninh Hiệp, Gia Lâm, Hà Nội). Mộ của ba mẹ con công chúa Ngọc Hân được chôn ở bãi Cây Đại (còn gọi là bãi Đầu Voi) làng Phù Ninh. Trước mộ có xây đền thờ.
Vào năm thứ 2 đời vua Thiệu Trị (1842), do mâu thuẫn giữa hai dòng họ, có người làng Phù Ninh đã vào tận kinh đô Phú Xuân tố giác việc thờ công chúa Ngọc Hân. Sự việc bị phát giác, vua Thiệu Trị đã cho người về hủy đền thờ và đào bỏ hài cốt của ba mẹ con Ngọc Hân.
Trong sách "Đại Nam thực lục chính biên" có đoạn ghi chép về sự kiện này như sau: Nguyên người xã ấy là Nguyễn Thị Huyền làm cung nhân của vua Lê Hiển Tông, có con gái là Ngọc Hân gả cho nguỵ Huệ, sinh được một trai, một gái. Ngọc Hân chết, con trai gái cùng chết non cả. Khoảng những năm đầu của vua Gia Long, nguỵ đô đốc tên là Hài ngầm đem hài cốt mẹ con Ngọc Hân từ Phú Xuân về táng trộm ở địa phận xã Phù Ninh, Thị Hài ngầm xây mộ, dựng đền, khắc bia giả, đổi lại họ tên để làm mất dấu tích. Tới đây, việc ấy bị phát giác, vua sai hủy đền thờ và đào bỏ hài cốt kẻ nguỵ đi.
Như vậy, một nàng công chúa tài sắc vẹn toàn, làm vợ một vị anh hùng cái thế và cuộc đời tưởng chừng như hạnh phúc đến tột cùng ấy thế mà kết cục lại thật bi thảm, cho đến nắm xương tàn cũng không được yên.
