Theo Đại Việt thông sử, sau khi Mạc Mậu Hợp bị bắt, các quan lại Nam triều đều đồng lòng đề nghị xử tử bằng hình phạt "lăng trì" theo luật lệ dành cho kẻ soán ngôi. Họ cũng muốn bêu đầu Mậu Hợp tại nhà Tôn miếu để rửa nhục cho tiên vương và xoa dịu sự phẫn nộ của thần dân. Tuy nhiên, Trịnh Tùng, cảm thấy Mậu Hợp đã đầu hàng, nên không nỡ dùng cực hình, chỉ sai treo sống ông ta trong ba ngày.
Sau đó, Trịnh Tùng ra lệnh chém đầu Mạc Mậu Hợp tại bãi cát Bồ Đề và gửi thủ cấp cho vua Lê Thế Tông ở Vạn Lại, Thanh Hoa. Vua Lê ra lệnh đóng đinh vào hai mắt Mậu Hợp rồi bêu đầu thị chúng. Mạc Toàn, con trai của Mậu Hợp, tự xưng là Vũ An và tiếp tục kháng cự. Tuy nhiên, do không được lòng dân và thiếu sự ủng hộ của tướng sĩ, Mạc Toàn phải sống lẩn trốn cho đến khi bị bắt và chém đầu tại bến Thảo Tân.
Mạc Mậu Hợp làm vua 28 năm, qua đời ở tuổi 30. Do nhà Mạc sụp đổ sau khi ông bị giết, nên Mậu Hợp không được đặt miếu hiệu và thụy hiệu. Các nhà sử học đều đồng tình rằng sự thất bại của Mạc Mậu Hợp bắt nguồn từ lối sống xa hoa và sự kiêu ngạo của ông. Mạc Mậu Hợp không chỉ hoang *** vô độ mà còn không nghe lời can gián của các trung thần về việc quân sự và chính trị. Việc bổ nhiệm Mạc Đôn Nhượng, một người nhu nhược và thiếu bản lĩnh, làm phụ chính cũng là một sai lầm lớn.
Triều đại nhà Mạc, từ Mạc Đăng Dung đến Mạc Mậu Hợp, trải qua 5 đời vua và kéo dài 66 năm. Sau khi Mạc Mậu Hợp qua đời, con cháu nhà Mạc rút lui lên Cao Bằng. Theo lời khuyên của Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm, họ Mạc tiếp tục tồn tại thêm 96 năm nữa trước khi sụp đổ hoàn toàn. Con cháu nhà Mạc không còn xưng đế, chỉ trấn giữ vùng núi phía Bắc trong hơn 80 năm. Sử nhà Lê ghi lại rằng vào tháng 7 năm 1594, trước khi qua đời, Mạc Ngọc Liễn, Đà quốc công nhà Mạc, đã viết thư khuyên Mạc Kính Cung rằng: "Quốc vận nhà Mạc đã hết, nhà Lê khôi phục là ý trời".
Mặc dù lối sống xa hoa của Mạc Mậu Hợp góp phần vào sự sụp đổ của nhà Mạc, nhưng ông cũng có những đóng góp tích cực, như việc tổ chức các khoa thi để tuyển chọn nhân tài. Tiếp nối truyền thống của cha ông, Mậu Hợp đã tổ chức 7 khoa thi. Ngay cả trong thời điểm chiến sự căng thẳng tại kinh thành vào mùa hè năm 1592, ông vẫn tổ chức khoa thi cử nhân tại bến Bồ Đề, chọn ra Phạm Hữu Năng và 16 người đỗ đạt.
Sau đó, Trịnh Tùng ra lệnh chém đầu Mạc Mậu Hợp tại bãi cát Bồ Đề và gửi thủ cấp cho vua Lê Thế Tông ở Vạn Lại, Thanh Hoa. Vua Lê ra lệnh đóng đinh vào hai mắt Mậu Hợp rồi bêu đầu thị chúng. Mạc Toàn, con trai của Mậu Hợp, tự xưng là Vũ An và tiếp tục kháng cự. Tuy nhiên, do không được lòng dân và thiếu sự ủng hộ của tướng sĩ, Mạc Toàn phải sống lẩn trốn cho đến khi bị bắt và chém đầu tại bến Thảo Tân.
Mạc Mậu Hợp làm vua 28 năm, qua đời ở tuổi 30. Do nhà Mạc sụp đổ sau khi ông bị giết, nên Mậu Hợp không được đặt miếu hiệu và thụy hiệu. Các nhà sử học đều đồng tình rằng sự thất bại của Mạc Mậu Hợp bắt nguồn từ lối sống xa hoa và sự kiêu ngạo của ông. Mạc Mậu Hợp không chỉ hoang *** vô độ mà còn không nghe lời can gián của các trung thần về việc quân sự và chính trị. Việc bổ nhiệm Mạc Đôn Nhượng, một người nhu nhược và thiếu bản lĩnh, làm phụ chính cũng là một sai lầm lớn.
Triều đại nhà Mạc, từ Mạc Đăng Dung đến Mạc Mậu Hợp, trải qua 5 đời vua và kéo dài 66 năm. Sau khi Mạc Mậu Hợp qua đời, con cháu nhà Mạc rút lui lên Cao Bằng. Theo lời khuyên của Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm, họ Mạc tiếp tục tồn tại thêm 96 năm nữa trước khi sụp đổ hoàn toàn. Con cháu nhà Mạc không còn xưng đế, chỉ trấn giữ vùng núi phía Bắc trong hơn 80 năm. Sử nhà Lê ghi lại rằng vào tháng 7 năm 1594, trước khi qua đời, Mạc Ngọc Liễn, Đà quốc công nhà Mạc, đã viết thư khuyên Mạc Kính Cung rằng: "Quốc vận nhà Mạc đã hết, nhà Lê khôi phục là ý trời".
Mặc dù lối sống xa hoa của Mạc Mậu Hợp góp phần vào sự sụp đổ của nhà Mạc, nhưng ông cũng có những đóng góp tích cực, như việc tổ chức các khoa thi để tuyển chọn nhân tài. Tiếp nối truyền thống của cha ông, Mậu Hợp đã tổ chức 7 khoa thi. Ngay cả trong thời điểm chiến sự căng thẳng tại kinh thành vào mùa hè năm 1592, ông vẫn tổ chức khoa thi cử nhân tại bến Bồ Đề, chọn ra Phạm Hữu Năng và 16 người đỗ đạt.
